Возвращенное солнце. М., 1960. В соавторстве с Р. Б. Оршанским
Окно в антимир. М., 1961 (Научно-популярная библиотека). В соавторстве с Е. Л. Глущенко
Неуязвимые материалы. М., 1962
Дальний поиск. М., 1963 (Научно-популярная библиотека)
Уравнение с Бледного Нептуна: Повесть. М., 1964 (Фантастика. Приключения. Путешествия). В соавторстве с М. Т. Емцевым
Падение сверхновой. М., 1964
Научно-фантастические рассказы. М., 1964. В соавторстве с М. Т. Емцевым
Впереди великий штурм природы: О природе, климате и возможных путях их изменений. М., 1964 (На суше, на море, в воздухе). В соавторстве с М. Т. Емцевым
Последнее путешествие полковника Фоссета: Фантастико-приключенческие рассказы. М., 1965 (Фантастика. Приключения. Путешествия). В соавторстве с М. Т. Емцевым
Зеленая креветка. М., 1966. В соавторстве с М. Т. Емцевым
Рассказ о торфе. М., 1966. В соавторстве с Р. Б. Оршанским
Море Дирака: Фантастические романы. М., 1967 (Фантастика. Приключения. Путешествия). В соавторстве с М. Т. Емцевым
На перекрестке бесконечностей. М., 1967
Ярмарка теней. М., 1968 (Библиотека приключенческой и научной фантастики)
Современная фантастика. М., 1968 (Народный университет. Факультет литературы и искусства; 12)
Три кварка: Научно-фантастические повести и рассказы. М., 1969 (Фантастика. Приключения. Путешествия)
Клочья тьмы на игле времени: Фантастический роман. М., 1970 (Библиотека фантастики). В соавторстве с М. Т. Емцевым
Звезда в тумане: Историческая повесть. М., 1971 (Пионер — значит первый)
Бронзовая улыбка: Документальная повесть. М., 1971 (Бригантина) (о путешествии Г. Ц. Цыбикова в Тибет)
Секретный узник: Повесть об Эрнсте Тельмане. М.: Политиздат, 1972. — 503 с., ил. («Пламенные революционеры»); 2-е изд.: 1978. — 470 с., ил.
Ларец Марии Медичи: Роман. М., 1972 (Библиотека приключенческой и научной фантастики), Ларец Марии Медичи (фильм)
Проблема-92: Курчатов: Повесть об ученом. М., 1973 (Пионер — значит первый)
Фантастика в век НТР. М., 1974 (Народный университет. Факультет литературы и искусства)
Третий глаз Шивы: Фантастико-приключенческий роман. М., 1975 (Библиотека приключений и научной фантастики)
Два океана нашей земли. М., 1976
Посевы бури: Повесть о Яне Райнисе. М., 1976 («Пламенные революционеры»), переиздан в этой же серии в 1986 году.
Звездные знаки. М., 1978
Ледовое небо: Повести. М., 1980
Боги Лотоса: Критические заметки о мифах, верованиях и мистике Востока. М., 1980
Восемь сторон света. М., 1981
Драконы грома: Рассказы и повести. М., 1981
Красный бамбук — черный океан: Роман. М., 1981
Зеркало Урании. М., 1982
Витязь чести: Повесть о Шандоре Петёфи. М., 1982 («Пламенные революционеры»)
Проснись в Фамагусте. 1983
Пылающие скалы: Роман. М., 1984
Трон Люцифера. Критические очерки магии и оккультизма. М., 1985
Под ливнем багряным: Повесть о Уоте Тейлере. М., 1988 («Пламенные революционеры»)
Александрийская гемма. М., 1991
Заговор против маршалов. М., 1991
Властители и маги. В двух книгах. М., 1996
Кольца змея. М., 1996 (переизд. в 3 томах, 2003)
Секта. М., 1996 (роман)
Сны фараона. М., 1996 (роман)
Бог паутины. М., 1997 (роман)
Собрание сочинений в 10 томах. М., 1998—1999
Наступит ли будущее?.. М., 1999
Скелеты в сейфе. В 2 томах. М., 2000
Эрос и Танатос. М., 2001
Всевидящее око. В 2 томах. М., 2003
Дороги к храму. Путешествие по библейским странам. М., 2004
Круг чудес и превращений, или Мир вокруг «Глобуса». М., 2005 (о Шекспире)
По следам Золотой легенды. Путешествие в Атлантиду. М., 2007
Тайнопись Апокалипсиса. М., 2007 (роман)
Тайные письмена богов. М., 2007
Рок и ужас. М., 2008 (сборник рассказов)
Святыни Поднебесной. Хождение в Срединное Государство Китай. М., 2008
Тень Люциферова крыла. В 2 книгах. М., 2009

Научную фантастику писал преимущественно в 1960-х в соавторстве с Михаилом Емцевым. Возможно, их лучшее произведение — повесть «Душа Мира», изданная на английском с предисловием Теодора Старджона, который назвал её «необыкновенной». Энциклопедия Клюта и Николса отмечает, что она «соединяет франкенштейновские ужасы с детальными размышлениями о коллективном сознании». Гордился тем, что предсказал нейтронную бомбу за 13 лет до её создания. Наибольшую известность Парнову принесла трилогия об инспекторе Люсине, в которую вошли романы «Ларец Марии Медичи» (1972), «Третий глаз Шивы» (1975), «Александрийская гемма» (1991, сокращенный вариант под названием «Мальтийский жезл» выходил в 1987). В этих остросюжетных произведениях главный герой, работник уголовного розыска Люсин при участии своего друга, историка и писателя Березовского, расследует загадочные преступления, в которых загадки истории таинственно переплетаются с современностью.
В 1990-2000-е Парнов продолжал преимущественно линию своего творчества, начатую книгой «Трон Люцифера» (по оценке православных кругов — «завуалированный учебник оккультизма»). Несколько романов, появившихся в этот преиод, также связаны с оккультной тематикой.
В последние годы Еремей Парнов много и тяжело болел. Страшным ударом для него стала кончина жены — научного журналиста и писателя Елены Кнорре. Скончался Еремей Парнов 18 марта 2009 в Москве в Боткинской больнице.